小学生新星勉非常爱看《盖亚奥特曼》，他是奥特战士的忠实粉丝。一天晚上他在观看《盖亚奥特曼》的录像时被卷入奇怪空间，他在那里看见了一个红色光球，以及一名站在火海中的女孩。没想到第二天在学校，这个女孩竟然真的出现了，女孩的名字叫七濑理沙。 放学后，勉在自家的仓库中居然看到了在奇怪空间里看到的红色光球。红球自称可以帮人实现任何愿望。勉在理沙的鼓动下，向球许愿希望可以见到电视中的角色高山我梦。没想到红球真的召唤出了我梦，同时还召唤出了怪兽撒旦比佐。我梦看到怪兽撒旦比佐后，变身成盖亚奥特曼后，将其击败。 第二天，勉在朋友面前炫耀此事，没想到被高年级学生给浩夺走了。浩经常欺负勉，他和勉不一样，他很喜欢怪兽。所以得到红色光球的浩，是希望能够召唤自己喜欢的怪兽。红色光球遵循浩的愿望，召唤出了怪兽。可怕的怪兽让盖亚陷入危机，最后关头迪迦和戴拿也出现了。

小学生新星勉非常爱看《盖亚奥特曼》，他是奥特战士的忠实粉丝。一天晚上他在观看《盖亚奥特曼》的录像时被卷入奇怪空间，他在那里看见了一个红色光球，以及一名站在火海中的女孩。没想到第二天在学校，这个女孩竟然真的出现了，女孩的名字叫七濑理沙。 放学后，勉在自家的仓库中居然看到了在奇怪空间里看到的红色光球。红球自称可以帮人实现任何愿望。勉在理沙的鼓动下，向球许愿希望可以见到电视中的角色高山我梦。没想到红球真的召唤出了我梦，同时还召唤出了怪兽撒旦比佐。我梦看到怪兽撒旦比佐后，变身成盖亚奥特曼后，将其击败。 第二天，勉在朋友面前炫耀此事，没想到被高年级学生给浩夺走了。浩经常欺负勉，他和勉不一样，他很喜欢怪兽。所以得到红色光球的浩，是希望能够召唤自己喜欢的怪兽。红色光球遵循浩的愿望，召唤出了怪兽。可怕的怪兽让盖亚陷入危机，最后关头迪迦和戴拿也出现了。

一个崇拜奥特曼的男孩小勉,在一次奇妙的际遇中得到了一个红色的玻璃球,原来那是一个能够实现愿望的神奇球,而它可从不同人许下的愿望中更加彰显出许愿者心灵的善恶.....

一个崇拜奥特曼的男孩小勉,在一次奇妙的际遇中得到了一个红色的玻璃球,原来那是一个能够实现愿望的神奇球,而它可从不同人许下的愿望中更加彰显出许愿者心灵的善恶.....

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织，其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力，变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏，盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。同时，二人的对立观点贯穿前半段，因此前半段贴近于连续剧。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。 在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。 莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体，诞生出了超巨大植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼，被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻，传说中的光之巨人迪迦奥特曼出现了！

超人佳亞從「根源破壞招致物體」手上拯救了地球之後，高山我夢（超人佳亞）重回到城南大學的校園，過著平靜的每一日。他現在擁有的變身器Esplander也已經失去了超人的光茫。 　　一方面地球又開始受某些東西的侵略了……。我夢再次被特種迎戰保衛隊XIG召集。終於，根源破壞海神Gakuzomu、根源破壞飛行魚Rozan出現了。究竟失去了超人的光茫的高山我夢和藤宮博也能否取回超人的光茫？而地球的命運又會如何？

故事设定为迪迦消失后的第8年—2017年主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球。在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了超级胜利队的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体斯菲亚，虽然他驾驶战机奋力战斗，却寡不敌众。此时他看见了神秘的光，成为了在这个世界里继大古后的第二个光之巨人的人间体。

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。